1. 传统培养法 (Culture-Based Methods)

　　原理：将环境样本(水、空气、表面擦拭液)接种到特定的培养基上，在适宜条件下培养，通过菌落形态、生化试验或染色进行计数和鉴定。

　　常用技术：

　　平板计数法：倾注平板法、涂布平板法，用于菌落总数、大肠菌群等。

　　滤膜法：用于大水量中低浓度微生物的浓缩检测(如大肠杆菌)。

　　多管发酵法：用于大肠菌群的最可能数(MPN)测定。

　　选择性/鉴别性培养基：如麦康凯琼脂(大肠菌群)、沙氏琼脂(真菌)、BCYE琼脂(军团菌)。

　　优点：成本低，技术成熟，可获得活菌信息(对于评估感染风险很重要)，部分可进行药敏试验。

　　缺点：耗时长(通常24-72小时，真菌更长)，只能检测可培养的微生物(估计<1%的环境微生物可在标准培养基上生长)，操作繁琐，易受干扰。

　　2. 分子生物学方法 (Molecular Methods)

　　原理：直接检测微生物的遗传物质(DNA/RNA)，不依赖于培养。

　　常用技术：

　　聚合酶链式反应 (PCR) 及实时荧光定量PCR (qPCR)：

　　应用：高灵敏度、高特异性地检测和定量特定病原体(如军团菌、诺如病毒、SARS-CoV-2)或功能基因。qPCR可提供精确的拷贝数。

　　优点：快速(几小时内)、灵敏度高、特异性强、可检测不可培养微生物。

　　缺点：无法区分死/活微生物(除非结合PMA/EMA等染料)，易受抑制物影响，成本较高，需要专业设备和人员。

　　宏基因组测序 (Metagenomic Sequencing)：

　　应用：对环境样本中所有微生物的DNA进行高通量测序，全面解析微生物群落结构(细菌、古菌、真菌、病毒)和功能潜力。

　　优点：无需培养，提供最全面的微生物多样性信息，可发现未知或新病原体。

　　缺点：成本高、数据分析复杂、对样本质量要求高、同样无法直接区分活/死细胞。

　　高通量测序 (HTS) / 16S rRNA / ITS 测序：

　　应用：分别针对细菌/古菌的16S rRNA基因或真菌的ITS区域进行扩增子测序，是研究微生物群落组成最常用的方法。

　　优点：比宏基因组成本低，能有效揭示群落结构。

　　缺点：存在PCR偏好性，分辨率通常到属水平，功能信息有限。

　　3. 免疫学方法 (Immunological Methods)

　　原理：利用抗原-抗体特异性结合反应检测微生物或其抗原。

　　常用技术：

　　酶联免疫吸附试验 (ELISA)：可用于检测环境样本中的特定病原体抗原或抗体(较少用于环境)。

　　免疫磁珠分离 (IMS)：用抗体包被的磁珠富集目标微生物，常与PCR或培养法联用，提高检测灵敏度。

　　免疫层析试纸条 (Lateral Flow Assays)：快速现场检测(如某些毒素、病原体)。

　　优点：特异性强，部分方法可快速出结果。

　　缺点：通常针对单一或少数目标，灵敏度可能不如PCR，抗体成本高。

　　4. 其他方法

　　显微镜检查：

　　直接镜检：如革兰氏染色、抗酸染色，可快速观察微生物形态和大致分类。

　　荧光显微镜：如使用DAPI染色总微生物，或FISH(荧光原位杂交)特异性检测目标微生物。

　　ATP 生物荧光检测：

　　原理：检测微生物细胞内的三磷酸腺苷(ATP)，其含量与活细胞数量相关。

　　应用：快速评估表面清洁度或水体微生物总量(结果以RLU - 相对光单位表示)，常用于即时清洁效果验证。

　　优点：极快(<1分钟)，便携。

　　缺点：不能区分微生物种类，受非生物ATP干扰，是半定量指标。

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