土壤微生物多样性分析是评估土壤生态功能的核心手段，其检测方法涵盖传统培养技术与现代分子生物学技术，具体流程如下：

　　一、传统检测方法

　　‌平板培养法‌

　　使用选择性培养基(如细菌用牛肉膏蛋白胨培养基、真菌用马丁氏培养基)分离微生物，通过菌落形态观察和计数评估多样性，但仅能检测可培养微生物(约占土壤微生物总量的1%)‌。

　　‌磷脂脂肪酸分析(PLFA)‌

　　通过检测微生物细胞膜特征脂肪酸(如细菌含饱和脂肪酸、真菌含不饱和脂肪酸)定量生物量及群落组成‌。

　　‌土壤呼吸测定法‌

　　测定CO₂释放速率或O₂消耗速率，间接反映微生物总活性，需结合气相色谱仪或红外分析仪‌。

　　二、分子生物学技术

　　‌高通量测序技术‌

　　‌16S/18S rRNA基因测序‌：针对细菌/古菌(16S rRNA)或真菌(18S rRNA)扩增子测序，分析α/β/γ多样性(如Shannon指数、PCA分析)‌。

　　‌ITS测序‌：专用于真菌多样性分析，可识别镰刀菌等病原菌‌。

　　‌宏基因组学‌

　　直接提取土壤总DNA测序，揭示微生物功能基因(如固氮、解磷基因)及代谢通路，适用于复杂生态系统研究‌。

　　‌qPCR定量‌

　　针对特定功能基因(如固氮菌nifH基因)绝对定量，灵敏度达10^2拷贝数/g土‌。

　　三、检测流程与标准

　　‌样品采集‌

　　需分层取样(0-20cm为主)，避免金属工具污染，-80℃保存以抑制DNA降解‌。

　　‌数据分析‌

　　‌多样性指数‌：计算Chao1(丰富度)、Shannon(多样性)等‌。

　　‌功能预测‌：通过PICRUSt2或FAPROTAX预测微生物功能‌。

　　‌标准参考‌

　　细菌/真菌检测：GB/T 34224-2017(微生物量测定)‌。

　　高通量测序：ISO 18593-2019(环境微生物组分析)。‌

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