一、传统培养与生化检测

　　‌平板计数法‌

　　通过选择性培养基分离细菌、真菌等可培养微生物，统计菌落形成单位(CFU/g)‌。

　　局限性：仅能检测1%-10%的可培养微生物，无法反映真实多样性‌。

　　‌酶活性测定‌

　　检测脲酶、脱氢酶等土壤酶活性，间接反映微生物代谢功能‌。

　　‌微生物呼吸法‌

　　通过CO₂释放量或O₂消耗量评估微生物总活性‌。

　　二、分子生物学技术

　　‌磷脂脂肪酸分析(PLFA)‌

　　提取微生物膜磷脂，通过气相色谱分析脂肪酸组成，区分细菌、真菌等类群‌。

　　‌PCR-DGGE/TGGE‌

　　基于16S/18S rRNA基因片段电泳分离，分析微生物群落结构差异‌。

　　‌实时荧光定量PCR(qPCR)‌

　　定量特定功能基因(如固氮菌nifH基因)的拷贝数‌。

　　三、高通量测序技术

　　‌16S/18S rRNA基因测序‌

　　针对细菌(16S)和真菌(18S)的保守区扩增，分析α/β多样性(如Shannon指数、Chao1指数)‌。

　　案例：城市农业土壤中，16S测序揭示有机肥施用后微生物多样性季节性变化‌。

　　‌宏基因组测序‌

　　直接提取土壤总DNA测序，解析微生物功能基因(如碳循环、氮代谢途径)‌。

　　‌宏转录组测序‌

　　分析微生物mRNA，揭示活性微生物的代谢功能‌。

　　四、检测流程与标准

　　‌样品采集‌

　　多点混合取样(0-20cm土层)，避免污染，-80℃保存‌。

　　‌数据分析‌

　　使用QIIME2、Mothur等软件进行OTU聚类和功能预测‌。

　　‌标准参考‌

　　国际标准ISO 11063(土壤DNA提取)和GB/T 38397-2019(微生物量测定)‌

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